在实验室里，很多细胞实验都需要进行荧光检测，但不同的情况需要选择不同的方法，因此我们需要了解各种荧光检测方法的特点，以选择更适合的进行检测。
1、流式
优点是速度快，非常适合做大数量统计，且样品只被检测一次，完全不用担心荧光淬灭的问题。缺点是只能检测荧光的有无、强度大小，无法提供空间定位信息，无法做荧光定位变化的实验。由于样品只被检测一次，因此无法对同一个样品进行连续观察。例如，做膜蛋白定位时会得到这么一个结果——用流式可以检测出信号，但是用显微镜却看不到东西，排除仪器和滤光片选择问题，很可能是核的自发荧光或非特异标记造成流式的假阳性结果。
2、荧光显微镜
刚好与流式互补，可很好地进行空间观察，判断目标蛋白的定位，但是不适合做大流量检测，估计没人能经得起时间的考验。有不同倍率的物镜选择，可以使用高倍物镜看精细结构，或用小倍率物镜做少量统计。与之搭配的CCD和软件，是系统能否发挥性能的关键。
3、共聚焦
荧光显微镜的升级产品，具有很好的光学层切效果，能得到很好三维定位信息。但如果使用共聚焦的目的仅仅是为样品拍一张好看的图片，就让人觉得可惜了。共聚焦基本都是全自动系统，可随意定义照明区域、选择多个荧光通路和设定定时取图，所以做Time-laps、FRAP和FRET有其独到的优势。另外，4Pi和STED又是其中的比较出色的，具有超高的空间分辨率，只是使用不方便，不一定适合做生物实验。
4、全内反射
荧光显微镜的另一种升级产品，属于近场光学范畴，只适合且最适合做膜研究，无法看到胞内信息，虽然也是用CCD成像，但是对CCD的要求更高
5、双光子
另一种共聚焦，因使用长波激发荧光，故能做深层检测（突破共聚焦的100微米极限），最典型的应用是观察活体脑组织。
6、新推出的高内涵药筛系统
流式和显微镜的杂合体，使用电动载物台，可以自动地按预定程序完成实验，可做大流量检测（速度较慢），而且有成像能力，可以判断定位。
综上所述，只要是荧光样品，就应该都可使用以上仪器检测（只用TIRF受一些限制）。但是实际应用时，大家可能会碰到某些样品可以使用流式和显微镜，但是无法使用共聚焦，其原因在于：首先是荧光检测必须有激发光照明，染料被特定波长的光照射以后才能发射荧光。激发光源有两种：1. 白光（汞灯、氙灯等），然后通过滤光片选择只通过特定波长的光。如检测GFP时，大家能看到蓝光照射在样品上，因为GFP的激发条件是488nm 光。但是有一点，显微镜不可能装无限多的滤光片，所以选择是有限的。2. 激光，普通的激光器只能发射特定波长的光，且数量有限，常见的是405、488、514、543、633等，所以可使用的染料也是有限。因此，大家判定仪器能否满足实验要求，务必先看看激发条件是否合适。
其次，在光检测器（PMT、CCD)前还有一块滤光片，作用是反射样品各种散射光，只通过特定波长的荧光，提高信噪比，得到干净的背景。因此，这块滤光片也决定了仪器能否满足实验要求。而在光谱型共聚焦里，使用的是棱镜或衍射光栅分光，可以选择通过任意需要的波段。
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